L’ICAC també defineix uns programes transversals que desenvolupen disciplines de caràcter metodològic i aplicat afins a l’arqueologia que incideixen en les diferents línies de recerca de l’ICAC. Dins l’estructura de recerca se situen al mateix nivell que les línies de recerca, són coordinats per un investigador responsable i poden desenvolupar diferents projectes.

Mètodes i tècniques de les ciències experimentals aplicades a l’arqueologia clàssica
Tecnologies de la informació i la comunicació aplicades a l’arqueologia clàssica
Arqueologia clàssica i ciències de l’antiguitat. Fonts textuals, epigrafia i numismàtica